BIOINFORMATIK
Bioinformatik er et interdisciplinært felt der arbejder med at forarbejde rå data til brugbar information så klinikere og forskere kan udnytte den kombinerede viden i det specifikke felt. Bioinformatik handler i store træk om at tage det nye data og kombinere det med databaser og via statistik udpege vigtige dele der kan bruges til at drage konklusioner indenfor diagnostik og forskning.Ved Amplexa Genetics har vi en afdeling af uddannede bioinformatikkere ansat med en bred erfaring indenfor både human genetik og mikrobiologi. Vi kan hjælpe jer med alt fra eksperimentel design, selve sekventeringen, data analysen, fortolkning, samt produktion af publisérbar figurer til manuskriptet eller præsentationen.
Vi har erfaring med mange forskellige datatyper, bl.a. NGS-data
fra Illumina platforme, Ion Torrent platforme, samt NanoPore, og Sanger.
Vi har derudover erfaring med en lang række analysetyper, bl.a.:
- Single Nucleotide Polymorphism (SNP) og variant calling på både humane og mikrobielle genomer.
- Chromosome copynumber variation (CNV) calling på humane genomer.
- Comparative genomics, dvs. sammenligning af genomer på både et makroskopiske niveau hvor der sammenlignes 1000< genomer, men også indenfor f.eks. Trio analyser hvor familiære genomer undersøges for at diagnosticere epileptiske phenotyper.
- De novo assembly af en række organismer, inkl sølvfisken, silden og en række bakterier.
- Pan genomics hvor en lang række genomer sammenlignes for at finde gener der er relateret til egenskaber, som f.eks. udledning af virulensfaktorer ved en gruppe baktier eller under antibiotika resistens.
- Transcriptomics hvor udtrykket af gener undersøges og sammenlignes mellem cellelinjer og/eller organismer. Dette inkluderer selvfølgelig også muligheden for at kigge efter regulatorisk RNA’er.
- DNA modifikationer hvor selve DNA’et undersøges for specifikke modifikationer så som methyleringer og acetyleringer.
Vores bioinformatik stab er altid åbne for nye udfordringer, så kontakt os endelig for en gratis projektdiskussion, selv hvis du har et projekt der ikke minder om noget af det ovenstående.
